まず、特許による保護の方法ですが、大きくとらえると、特許による保護をうけるためには、発明を公開することが大前提となっています（特許取得方法の詳細は、「section3　特許取得方法」別項参照）。すなわち、特許権という独占的な権利を与える代わりに、技術は公開しなさいという仕組みになっているわけです。もちろん、特許権が成立した場合には独占的な実施権が与えられ（特許法６８条）、その権利を他人が勝手に利用することはできなくなりますから、公開されても問題ないということがその根底にあります。

ただし、実際上の問題としては、権利を取得したとしても、無断利用を排斥しようとすれば、裁判等を通じて差し止め等を求める必要がでてきます。裁判には費用、手間がかかるわけで、単に特許権という権利を取得しただけでは、なんの意味もないと言うことにもなりかねません。また、発明が公開されることにより、特許権で保護されている範囲に抵触しない新技術の発明を促すことになるかもしれません。

これに対して、発明を秘密にするという方法は、もちろん公開を伴いません。その意味では、秘密管理がきちんとできれば、他人に模倣されないということになります。実際問題としては、秘密という情報が漏えいしないように管理すると言うことはなかなか難しい問題です。また、自社のみで秘密を独占すると言うことであればまだしも、他社に秘密を開示した場合には、実際問題として管理は難しくなるということになります。もちろん、秘密保持に関する契約や、不正競争防止法の営業秘密による保護を受けることが可能ですが、一旦秘密が漏えいすればその回復は困難であるといわざるを得ません。

また、大学などの学術研究機関でなされる発明の場合、その組織の役割として学会等での研究発表も重要な使命であることはいうまでもなく、その意味で秘密として管理する方法はとりづらいという側面もあります（「section6 学会発表と特許出願の関係について」参照）。