審査請求制度が採用されているのは、真に特許を取得するつもりがない場合（防衛目的でとりあえず出願している場合）や、出願後に当該発明が陳腐化してしまった場合などは、あえて審査をする必要もなく、また、全ての出願を審査すると特許庁の審査の遅れにつながることがその理由です。

審査官が拒絶理由を発見した場合、直ちに拒絶査定されるわけではなく、出願人に対して拒絶理由の通知（特許法50条）がなされます。この通知を受けて出願人は審査官に対して意見書、補正書の提出を行って、拒絶理由が覆るよう努力することが可能です。

さらに、意見書や補正書によっても拒絶理由が解消できない場合には、拒絶査定（特許法49条）が行われます。拒絶査定が行われたとしても、不服がある場合には、拒絶査定不服審判（特許法121条）を請求することが可能です。

審査の結果、特許査定がなされ特許として認められたとしても、それで特許権としての権利が確定するわけではなく、特許無効審判（123条）の申立が可能ですし、拒絶査定不服審判及び<特許無効審判の結果に不服があれば、東京高裁へ、さらに最高裁に不服を申し立てることが可能になっています。特許権は、土地所有権と比較すると権利としては不安定な面があるといえるでしょう。